Alpakas haben einen kompakten, bepelzten Körperbau mit langen, dünnen Beinen. Sie haben einen kleinen Kopf mit großen, ausdrucksvollen Augen und kurzen Ohren. Ihr Fell ist seidig und kann in verschiedenen Farben variieren, von weiß bis schwarz.

In ihrer Anatomie weisen Alpakas Ähnlichkeiten mit Kamelen auf, aber auch Unterschiede auf. Sie haben zum Beispiel keine Höcker wie Kamelen, aber ihre dünnen Beine und ihr kompakter Körperbau helfen ihnen, in den höheren Andenregionen, in denen sie heimisch sind, besser zurechtzukommen.

Was den Magen betrifft, so haben Alpakas einen dreiteiligen Magen, wie viele andere Wiederkäuer. Dieser ermöglicht es ihnen, große Mengen an nährstoffarmem Gras effektiver zu verdauen und zu nutzen. Die erste Kammer des Magens (der Pansen) dient zur Fermentation von Nahrung, während die zweite Kammer (der Netzmagen) dazu dient, gefestigte Nahrung zu zerkleinern und weiterzuleiten. Die dritte Kammer (der Blinddarm) ist die eigentliche Verdauungskammer, in der die Nährstoffe aus der Nahrung aufgenommen Werden.